HİÇ BİR ONARIM İZNİ VERİLMEDİ
İnşa çalışmaları 9 sene sonra yani 1885 yılı içerisinde tamamlanan kilisenin güvenliği için Fransız Konsolosluğu sorumluluğu üzerine aldı. Padişahın özel izni ile kurulan kilise 1913’te ise Jön Türkler tarafından ele geçirildi. Rahipler ise çatısı akan iki küçük odaya yerleşmek zorunda bırakıldı ve yıkılmak üzere olan kilisede hiçbir tamir izni verilmedi. Son derece sancılı sürece giren kilisenin manastır bölümleri de yıkılmaya terk edildi. Daha sonra ise padişahın verdiği resmi belgelere dahi el konuldu. Bu dönemde geçmişte nüfusunun yüzde 30'u Hristiyan olan Samsun'da, yaklaşık 100 Hristiyan vatandaş kaldı.